ормирование холдинга было начато в 2001 году на базе одноимённой ассоциации потребителей апатитового концентрата; создателем выступала Group Menatep, на тот момент контролировавшаяся Михаилом Ходорковским[2].
До начала 2005 года 50 % акций холдинга принадлежало Group Menatep. В ходе распродажи активов Group Menatep, связанной с «делом ЮКОСа», этот пакет был продан менеджменту «Фосагро». К дочернему предприятию группы — ОАО «Апатит» — в ходе «дела ЮКОСа» были предъявлены серьёзные налоговые претензии, аналогичные претензиям к «ЮКОСу», но после личного обращения руководства «Фосагро» к председателю правительства России Михаилу Фрадкову в октябре 2005 счета «Апатита» были разблокированы, а рассмотрение дела затянулось на 8 лет, до 2012 года. «Апатит» полностью оспорил всю сумму претензий (порядка 17 млрд руб.). Более того, после этих судебных решений в конце 2012 года налоговые органы добровольно выплатили предприятию рекордную для России компенсацию в сумме свыше 320 млн руб.[3][4]
Урегулировав крупные судебные споры (кроме споров с налоговыми органами, у предприятия был судебный спор с государством по поводу возврата акций ОАО «Апатит» (также в рамках дела ЮКОСа) и споры с потребителями продукции о ценах на апатитовый концентрат — все эти споры были проиграны), компания в середине июля 2011 года провела IPO на Лондонской фондовой бирже, в ходе которого было продано 10,3 % акций, принадлежавших основному владельцу «ФосАгро» Андрею Гурьеву. Сумма размещения составила 535 млн $, совокупная оценка компании по итогам размещения — 5,2 млрд $[5].
В октябре 2012 года «ФосАгро» ввела в эксплуатацию комплекс по производству карбамида и газотурбинную электростанцию (ГТЭС) на своей площадке в Череповце Вологодской области[6].
С 2013 по 2017 годы компания провела два вторичных публичных размещения (SPO). В 2013 году инвесторам было предложено 9 % акций, принадлежащих семье Гурьевых[7]. В 2017 году на бирже было продано ещё 4,5 % уставного капитала «ФосАгро» По итогам второго SPO значительную часть размещаемых акций выкупил консорциум структур РФПИ и азиатских партнеров фонда[8].